在热带和亚热带地区，全年中大部分时间都很温暖，因而堆肥过程很少利用嗜冷微生物。大多数堆肥过程都是由嗜温微生物从中温开始的，嗜热微生物也能将堆肥的温度升至热温范围。堆肥中的微生物在分解过程中产生大量的热来给堆肥加热。90-140华氏度在适当保存的堆肥中属于正常温度。这种高温对快速分解是必需的，而且有利于破坏杂草的草种、昆虫的幼虫、有害细菌等，并能抑制某些疾病的滋生，以免这些疾病产生有害微生物阻碍植物的正常生长。

发酵原住微生物菌群的添加能够提高分解速度与效率，因为这些菌群是经过筛选、调试、培养并改良的高浓缩细菌与真菌混合物。这些菌种被选来更好的生存与繁殖、同时制造酶并分解有机废物，从而在堆肥生成过程中加速有机质的分解。

分解木质纤维素菌体的标准概念是先打开纤维结构使糖可用于不同微生物的新陈代谢。微生物利用纤维素酶、木聚糖酶、α-淀粉酶、分解木质素的酶等在堆肥中从纤维素、半纤维素、淀粉和其他碳水化合物里释放糖分。目标菌在堆肥中的生长加强了，就能有效抑制杂菌和脊椎动物的生长，从而防止产生臭味和致病菌等有害物质。